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2023-11-06
在实验7.4.2中31个样品(省市和自治区)进行了聚类分析.现在对实验7.4.2中的8个变量进行聚类分析.
(1)在实验7.4.2的基础上,先求相关矩阵
>cor(X)
结果如下:
(2)根据(1)的相关矩阵画8个变量的聚类图
>names<-c("x1","x2","x3","x4","x5","x6","x7","x8")
>r<-matrix(cor(X),nrow=8,dimnames=list(names,names))
>d<-as.dist(1-r);hc<-hclust(d);dend<-as.dendrogram(hc)
>nP<-list(col=3:2,cex=c(2.0,0.75),pch=21:22,
+bg=c("light blue","pink"),
+lab.cex=1.0,lab.col="tomato")
>add E<-function(n){
+if(!is.leaf(n)){
+attr(n,"edgePar")<-list(p.col="plum")
+attr(n,"edgetext")<-paste(attr(n,"members"),"members")
+}
+n
+}
>de<-dendrapply(dend,add E);plot(de,node Par=n P)
结果如图7-3所示.
图7-3 8个变量的聚类图
从图7-3可以看出,x1,x8 先并为一类,其次是x3,x6 并为一类,再合并就是新得到的两类合并为一类,然后合并就是x5,x7 合并为一类,再往下合并就是x2,x4 最后合并为一类.
在聚类过程中类的个数如何确定才适宜呢?至今没有令人满意的方法.在R软件中,与确定类的个数有关的函数是“rect.hclust( )”,它本质上是由类的个数或阈值来确定聚类的情况,其调用格式为
rect.hclust(t ree,k=NULL,which=NULL,x=NULL,h=NULL,border=2,cluster=NULL)(www.chuimin.cn)
其中,“tree”是由hclust生成的结构;k 是类的个数;h 是聚类图中的阈值;border是数或向量,标明矩形框的颜色.
在前面的问题中,如果分为2类,即k=2,其R 代码如下:
plclust(hc,hang=-1);re<-rect.hclust(hc,k=2)
结果如图7-4所示.
图7-4 8个变量的聚类图(k=2)
从图7-4可以看出,x5,x7,x1,x8,x3,x6 为第一类;x2,x4 为第二类.
在前面的问题中,如果分为3类,即k=3,其R 代码如下:plclust(hc,hang=-1);re<-rect.hclust(hc,k=3)
结果如图7-5所示.
以图7-5可以看出,x5,x7,x1,x8,x3,x6 为第一类;x2 为第二类;x4 为第三类.
图7-5 8个变量的聚类图(k=3)
在前面的问题中,如果分为4类,即k=4,其R 代码如下:
plclust(hc,hang=-1);re<-rect.hclust(hc,k=4)
结果如图7-6所示.
图7-6 8个变量的聚类图(k=4)
从图7-6可以看出,x5,x7 为第一类;x1,x8,x3,x6 为第二类;x2 为第三类;x4 为第四类.
在前面的问题中,如果分为5类,即k=5,其R 代码如下:
plclust(hc,hang=-1);re<-rect.hclust(hc,k=5)
结果如图7-7所示.
图7-7 8个变量的聚类图(k=5)
从图7-7可以看出,x5,x7 为第一类;x1,x8 为第二类;x3,x6 为第三类;x2 为第四类;x4 为第五类.
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