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测序技术与组学在微生物与人类健康中的应用

【摘要】:在过去的10年里,肠道微生物群研究的激增可归因于成本效益高的下一代测序技术和人类基因组、代谢组学和蛋白质组学数据等“组学”数据的发展。因此,这些复杂的组学数据需要专门的统计模型来考虑成分、稀疏性、批效应、技术噪声、采样噪声和时空变化等因素。解释“组学”数据也有很大困难,因为特定肠道微生物丰度的变化可能不会被推断为对宿主有保护或有害的影响。

在过去的10年里,肠道微生物群研究的激增可归因于成本效益高的下一代测序(NGS)技术和人类基因组、代谢组学和蛋白质组学数据等“组学”数据的发展。NGS技术加上生物信息学的进步,彻底改变了微生物群的领域,取代了以培养为基础的方法,从而可以分析日益复杂的微生物群特征。然而,其局限性仍然存在,例如16S rRNA测序可能导致对细菌的观点是单一领域的,必须考虑不同的生命体。

基因组学研究可以将科学视角扩展到一个多领域的视角,但也存在局限性。例如,由于参考数据库缺乏密切匹配,很大一部分数据无法分配功能,特别是病毒数据。因此,这些复杂的组学数据需要专门的统计模型来考虑成分、稀疏性、批效应、技术噪声、采样噪声和时空变化等因素。

解释“组学”数据也有很大困难,因为特定肠道微生物丰度的变化可能不会被推断为对宿主有保护或有害的影响。例如,在Vandeputte等人的一项研究中,微生物的绝对数量(用定量微生物组谱测量)比经典的相对丰度谱更好,因为后者不能提供关于分类群丰度或代谢潜力变化的方向性程度的信息。建立一个知识库,以巩固微生物群领域中不相连的知识片段,以及微生物组研究中的其他创新,可以加快理解并帮助推进因果关系。因此,为了建立肠道生态系统动力学的全球模型,需要在质量控制、方法学和使用流程方面进行进一步的研究和改进。(www.chuimin.cn)

为了充分了解肠道微生物在人类健康中的作用,并指导高胆固醇血症和CAD发展的治疗干预措施,必须考虑个体自身因素对肠道微生物群和疾病的影响。对这些复杂机制的进一步研究是阐明肠道菌群介导机制的重要一环,这反过来又可以产生更有效和高精度的基于微生物群的CAD预防和治疗方法,最终可以降低CAD的社会经济成本。