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2023-11-08
MapReduce编程过程及其在医药领域中的应用
【摘要】：MapReduce编程过程如图5-25所示。图5-25MapReduce编程过程2.InputFormat文本输入。Sequence File As Binary Input Format用于处理任意二进制的数据类型，并将顺序文件的Key和Value作为二进制对象。Map阶段需要实现Mapper接口，同时继承MapReduceBase，最后再编写map方法。IntSumReducer对整型的value值求和。Map File Output Format是将排序后的Key/Value对写入到一个mapfile文件中。Multiple Sequence File Output Format是将结果输出到多个顺序文件中，其中根据Key/Value对进行分区。
1.MapReduce编程过程
Hadoop 2.0生态系统中YARN下的MapReduce（MRv2）和Hadoop 1.0生态系统中的MapReduce（MRv1）都是基于Goolge的MapReduce思想实现的。虽然二者在框架上有所区别，但是两者的调用API及接口大部分都保持兼容，因此从编程实现方式上保持一致。MapReduce编程过程如图5-25所示。
图5-25 MapReduce编程过程
2.InputFormat
（1）文本输入。Text Input Format以文本文件中的一行作为记录来进行处理，其中，文本输入格式的Key为LongWriteable，Value为Text类型。Key Value Text Inpu tFormat用于有行号和内容的文本文件，其中，行号和文件内容是由分隔符隔开的。N Line Input Format用于对少量文件数据做一些分散的并行处理任务，然后产生汇总输出。Stream Input Format用于处理大型的XML文档。
（2）二进制输入。Sequence File Input Format用于处理二进制键值对的序列，其中Key的类型为IntWriteable，Value类型为Text。Sequence File As Text Input Format用于顺序文件作为流操作的输入，并将Key和Value都转换为Text对象。Sequence File As Binary Input Format用于处理任意二进制的数据类型，并将顺序文件的Key和Value作为二进制对象。
（3）多样式输入。MultipleInputs用于解决数据多样性的问题，可在每个文件上设置InputFormat类型。
（4）数据库输入。DBInputFormat是从关系型数据库中读取数据的一种格式，可将数据传到集群中进行处理。
3.Map
当完成数据读操作之后，就要将分片后的数据作为Map的输入，进行Map阶段。例如，当数据被分片为N时，默认会给N个Map来进行处理。Map阶段需要实现Mapper接口，同时继承MapReduceBase，最后再编写map方法。
IdentityMapper〈K，V〉将输入的〈key，value〉原封不动地输出为中间结果。
InverseMapper〈K，V〉将输入〈key，value〉map为输出〈value，key〉。
RegexMapper〈K〉为每一个匹配的正则表达式生成一个（match，1）键值对。
TokenCountMapper〈K〉当输入值被标记时，生成一个（token，1）键值对。
MultithreadedMapper〈K，V〉多线程执行map方法。
4.Combine/Partition(www.chuimin.cn)
图5-26 Combine/Partition
5.Reduce
IndentityReducer〈K，V〉将输入的〈key，value〉原封不动地输出为结果。
LongSumReducer〈K〉对长整型的value值求和。
IntSumReducer对整型的value值求和。
6.OutputFormat
（1）文本输出。Text Output Format是以一行的形式进行文件写入，Key和Value可以是任意类型，其分隔符默认为Tab符。
（2）二进制输出。Sequence File Output Format是将输出写入到一个顺序文件中，其格式紧凑，而且数据可以被压缩。Sequence File As Binary Output Format是将Key/Value对当作二进制写入到一个顺序文件中。Map File Output Format是将排序后的Key/Value对写入到一个mapfile文件中。
（3）多个输出。Multiple Text Output Format是将结果输出到多个文件中，其中根据Key/Value对进行分区。Multiple Sequence File Output Format是将结果输出到多个顺序文件中，其中根据Key/Value对进行分区。
（4）延迟输出。Lazy Output Format是延迟输出格式，可以保证在第一条记录输出的时候才真正创建文件。
（5）数据库输出。DBO utput Format是向关系型数据库中写入数据的一种格式。
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