景观基因图谱的图谱单元管理,需要通过分析、显示和查询三个路径实现,因此,景观基因的文本体系需要更为简单有效的表达方式,如编码。图3-4交叉十字法提取基因符号依据国家相关标准,以及景观基因信息库的构建需求,本书最终采用英文字母与阿拉伯数字结合的编码形式对景观基因进行文字符号化的处理。......
2023-10-18
通过以上的叙述,我们对生物细胞的灵魂与计算机的灵魂,即它们各自的信息运行、存储和控制系统进行了对比。接下来,让我们比较一下它们的工作方式。
无论是计算机还是生物细胞,它们的工作或生命活动都沿着以下轨迹运行:在信息编码控制之下,从外界获取能量(物质)和信息,对能量(物质)和信息进行加工、改造、转化,生成一系列产品,所生成的产品用于自身更新、信息传递或输出外界。
计算机在进行每一项工作时,首先要输入任务指令,激活特定的程序,在程序控制下对信息进行运算、翻译、加工,形成并输出产品(数据、文字、图像、色彩、声音等)。计算机只能处理由0和1组成的“二进制”数码串,所有输入的信息必须翻译成数码,才能进行运算;运算的结果要翻译成我们所需要的产品才能输出。因此,计算机的全部程序都以数码串的形式存储和运行。“翻译”的过程,就是依照事先编写的“密码本”,把输入的信息翻译成密码,进行运算;运算的结果又依照“密码本”翻译成产品。这与电报通信非常相似:发电报,首先要把文字翻译成电报密码,通过有线或无线电波发送出去,在终端再次翻译成文字形式。
我们花这么多笔墨描写计算机的工作方式,是为了更直观的理解生物细胞的工作方式。细胞的信息编码是DNA链条,由A、G、C、T四种核苷酸分子排列组合而成,其中隐藏着无数的密码,构成大约2.5万个基因。2.5万个基因就好比计算机的2.5万个程序。当细胞收到任务指令(指令可来自细胞外或细胞内),首先是基因表达,相当于激活程序、运转程序。我们已经知道,细胞内隐藏的大约2.5万个基因平时处于待命状态,有序的存放在23对染色体上,就像计算机的程序存放在C盘上一样。当接到任务时,相应的基因被激活,开始工作,这叫作基因表达。基因表达分为两个步骤,第一步是转录,第二步是翻译。转录就是构成这个基因的DNA数码链条从染色体上展开,以自己为模板制作一份拷贝,这份拷贝叫作信息核糖核酸(mRNA)。mRNA所携带的密码与基因中的DNA密码完全相同,所不同的是DNA中的T(胸腺嘧啶)被mRNA中的U(尿嘧啶)所取代。为什么要转录一份拷贝呢?因为基因密码保存在细胞核中的染色体上,而基因表达的场所一般是在细胞质中。基因要永久保存、反复表达,每次执行任务不能亲自上前线,而是派一位“信使”,携带着基因密码进入细胞质去执行翻译工作,这位信使就是mRNA。
话说mRNA被复制出来以后,经过梳妆打扮(分子生物学术语叫作剪接、戴帽、加尾),使之具备很强的稳定性和战斗力,携带着基因密码奔赴前线(细胞质)。去干什么呢?去指导蛋白质的合成,这个过程叫作翻译。
我们知道,核酸与蛋白质这两种生物大分子是一切生命活动的基础。核酸以自身的DNA链条对生命活动进行信息编码,而形形色色的蛋白质分子是生命活动的具体执行者。构成蛋白质分子的基本单位是氨基酸。氨基酸共计有20种,按不同的种类和顺序排列成肽链,肽链进一步按一定的空间结构组合成蛋白质。细胞的自身建设与维护,细胞生产的各种酶、激素及活性物质,细胞的化学反应催化功能,细胞的运动,细胞的生物电活动,细胞与细胞之间的信息联络及物质交换等,所有这些生命活动都是由蛋白质去执行的。基因表达的结果正是精确地合成具备特定功能的蛋白质,让它们去执行特定的功能。(www.chuimin.cn)
生命真的太神奇了,基因的信息编码与构成蛋白质的氨基酸之间竟然存在着固定的联系,两者可以互相翻译!分子生物学家早在20世纪60年代就破译了DNA三连密码与氨基酸之间的对应关系,这就是“遗传密码词典”。上文已经阐述过,在DNA链条上每3个相邻的碱基序列组成一个三连密码,合计有43=64个密码。其中61个密码分别为20种氨基酸编码,如CUC对应亮氨酸,ACG对应苏氨酸,AGA对应精氨酸等。剩余的3个密码是翻译过程的终止信号。一个mRNA分子携带的全部密码,正好对应于一个特定蛋白质分子的氨基酸及其排列顺序。
充当信使的mRNA进入细胞质,在那里召集氨基酸,以自己为模板,依照三连密码与氨基酸的对应关系,使氨基酸排列为肽链,进一步构成特定的蛋白质,完成基因表达的翻译过程。
当然,转录和翻译过程还有许多细节,如果读者有兴趣,可以阅读分子生物学专业书。我们在这里要重点理解基因信息编码与生命活动之间的关系。这种关系体现在核酸与蛋白质这两种生物大分子的主导作用,两者相互依存,通过信息编码、信息转换、信息表达、物理化学反应,实现生命活动的全部内容。
研究生命现象,核心问题是研究核酸与蛋白质及其相互关系。人类进入21世纪,生命科学进入分子生物学时代,医学也随之向“精准医学”迈进。精准医学的核心,就是要搞清楚几万个基因和几万种蛋白质,搞清楚它们的功能、变异、相互关系以及与生命活动和疾病的内在联系,并找到精准的干预手段。讨论医学原理,不能绕开核酸与蛋白质这个核心问题。于是我们找一个捷径,借助计算机编码与翻译的工作方式,来类比生物细胞的基因和基因表达。
以上的叙述,仅仅从单个细胞的角度去理解基因表达。对于多细胞生物特别是人体来说,涉及基因表达的问题就太多了。无数不同类型的细胞构建成组织、器官、系统,形成统一的有机体。每个细胞都存储着一整套基因,绝不能各行其是、随意表达,而是服从整体生命活动的需要,有序的表达。这就像计算机,虽然安装了许多程序,但是只有与当前任务相关的程序处于运行状态,其余大部分程序原地待命。那么,人体怎样对众多的细胞进行组织协调,构成一个统一的生物体呢?
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2023-10-18
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2023-11-21
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