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未来已来:基因科普书解密肿瘤检测新技术

【摘要】:随着针对特定突变而不是肿瘤类型的癌症治疗方法的出现,即使找不到肿瘤的具体位置,仅通过血液样本DNA分析也能确定肿瘤的所在,液体活检检查将可以最终指导治疗干预。芯片实验室携带方便,在门诊或缺乏医疗设施的偏僻地区也能使用。基因测序未来有无限的发展可能,并将给我们带来更多的惊喜。

从人类基因组窥探到生物多样性保护,通过第一代、第二代、第三代测序技术的不断迭代革新,基因测序技术正朝着更高的精度、更低的成本、更长的长度及更便捷操作的方向发展。

参与人类基因组计划的研究者们可能没有想到,DNA测序的突破性临床应用竟会是产前检测,例如染色体数量异常21-三体导致的唐氏综合征,通过检测孕母血中游离的胎儿DNA进行胎儿非整倍体筛查,21-三体的检出率达99%。该领域的专家估计,全世界每年大约有400万到600万孕妇接受这一测试,这个数字在10年内将超过1500万。这类检测是非侵入性且易于执行的,在未来初级医疗中应该大有所为。

肿瘤学方面,液体活检技术将会发展成癌症筛查的常规工具,就像目前常用的涂片和结肠镜检查一样。随着针对特定突变而不是肿瘤类型的癌症治疗方法的出现,即使找不到肿瘤的具体位置,仅通过血液样本DNA分析也能确定肿瘤的所在,液体活检检查将可以最终指导治疗干预。基于DNA测序,利用液体活检并结合其他的组学技术,我们就可能为癌症诊断与愈后评估提供有效补充,甚至取代传统的创伤性癌症诊断技术。

同时,手持DNA测序仪的出现,也使流行病学家能够在最为偏远的地区高效完成对人类样本、动物昆虫病原载体乃至空气、水、食物的基因检测。在法医领域,这种测序仪还可以用于DNA分析,可以作为一线警务人员的随身工具,帮助警方通过DNA监测嫌疑人,发展成如酒精探测器一般的便捷工具。

目前,利用一种带USB(通用串行总线)接口的微芯片设备做DNA检测,只需30分钟就可测得某人是否携带某种疾病风险的基因,价格低至20美元。这种微芯片被称为“芯片实验室”。芯片实验室携带方便,在门诊或缺乏医疗设施的偏僻地区也能使用。DNA测序设备可能成为继烟雾报警和恒温器之后,下一个“智能”设备,在病人家中,只要把芯片插入平板电脑,就能得到检测结果。更重要的是,这种芯片能同时检测一个人易患的多种遗传疾病,如Ⅱ型糖尿病、对某些药物过敏等。2014年,图马佐因这项发明获欧洲专利局授予的“年度发明人”称号,这项技术有望在整个公共卫生领域普及,从而使医学重点从治疗转向早期预防。

只要有人类的存在,和我们一起在地球上相生相伴的病原微生物就不会完全消失。因此,感染性疾病的诊断会长久成为临床待解决的问题之一。在感染性病原体的诊断方面,高通量测序技术已经展现其出色的潜质:通过这种技术的检测,多种新发、罕见或者难以检出的病原微生物都无处遁形。但是,在感染性疾病的检测中,因感染的部位和病原不同,核酸获取的浓度和难度都不一样,因此很难使用一种测序技术检出所有的感染性疾病病原。

迄今为止,只有美、中、英三个国家具备制造测序仪的能力,其中只有美国的Illumina和中国的华大基因拥有可以对人类进行全基因组检测的平台。基于这些平台,下游的应用者源源不断地开发出了海量的检测方法和应用技术。基因测序未来有无限的发展可能,并将给我们带来更多的惊喜。当人人基因组时代到来的时候,更多的人也会从中受益。

参考资料(www.chuimin.cn)

1.Ye Yin,et al.The draft genome sequence of mandrill(Mandrillus sphinx)[J].BioRxiv,preprint first posted online Jul.12,2018.

2.Darwin,Charles.The Descent of Man,and selection in relation to sex[M].D.Appleton and Co,New York.1871.

3.布莱特·卫斯伍德,史蒂芬·莫斯.非凡物种[M].张毅瑄,译.新乐园出版,2016.

4. Heather JM,Chain B.The sequence of sequencers:The history of sequencing DNA[J].Genomics.2016 Jan;107(1):1-8.

【注释】

[1]扩增偏倚现象即某一个DNA模板被指数级地扩增,从而使其丰度显著高于其他DNA模板。